O MySQL instalado no debian (raspbian), está rodando em background, mas “mysql: command not found”

Question

Eu tenho um servidor Linux rodando em casa em um Banana Pi (muito semelhante a um Raspberry Pi) com alguns sites e bancos de dados pequenos. Especificamente,

$ cat /etc/*-release
PRETTY_NAME="Raspbian GNU/Linux 7 (wheezy)"
NAME="Raspbian GNU/Linux"
VERSION_ID="7"
VERSION="7 (wheezy)"
ID=raspbian
ID_LIKE=debian 
...

Isso já está em funcionamento há algum tempo e inclui uma instalação do Apache, assim como PHP e MySQL. Todas essas coisas são executadas automaticamente na inicialização e meu servidor é executado sem problemas por algum tempo. Na verdade, faz muitos meses desde que eu tentei fazer qualquer outra coisa além das interfaces de uso no site e das transferências de arquivos.

Ontem eu tentei logar no MySQL na linha de comando e aconteceu o seguinte:

$ mysql -u root
-bash: mysql: command not found

Isso pareceu uma surpresa para mim, dado que o MySQL está rodando e meu site (PHP, que necessariamente tem que acessar e modificar as bases de dados MySQL) funciona bem;

$ top
top - 12:54:43 up 36 days, 21:25,  1 user,  load average: 0.01, 0.04, 0.05
Tasks:  92 total,   1 running,  91 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
%Cpu(s):  0.3 us,  1.0 sy,  0.0 ni, 97.0 id,  0.2 wa,  0.0 hi,  1.5 si,  0.0 st
KiB Mem:    894780 total,   870592 used,    24188 free,   131576 buffers
KiB Swap:   102396 total,        0 used,   102396 free,   597328 cached

  PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S  %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
10859 luke      20   0  4776 1472 1036 R   1.6  0.2   0:00.17 top
 2654 mysql     20   0  312m  42m 4248 S   0.7  4.9 257:43.25 mysqld
10746 luke      20   0  9400 1480  880 S   0.7  0.2   0:00.09 sshd
...

E mysqldump também funciona bem;

$ mysqldump -u root -pnotmypassword --all-databases | gzip > /home/luke/test.sql.gz
-- Warning: Skipping the data of table mysql.event. Specify the --events option explicitly.
$ ls -lh
total 332K
drwxr-xr-x 2 luke luke 4.0K Sep 11  2014 bin
lrwxrwxrwx 1 root root    5 Sep 11  2014 ext -> /mnt/
-rw-r--r-- 1 luke luke 270K Mar 30 13:01 test.sql.gz
...

Gostaria de saber se está faltando apenas no meu PATH, então tive uma olhada nos diretórios;

$ echo $PATH
/home/luke/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/local/games:/usr/games

E descobrimos que em /usr/bin estão as seguintes mysql* entradas

$ ls -lh /usr/bin
ls: cannot access /usr/bin/mysql_waitpid: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysqlshow: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/cpp-4.6: Input/output error
ls: /usr/bin/printafm: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/myisam_ftdump: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysqlanalyze: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysqlbug: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/innotop: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysql: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/ntptrace: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysql_client_test: Input/output error
ls: /usr/bin/mysql_plugin: Input/output error
ls: cannot access /usr/bin/mysqldumpslow: Input/output error
total 1.1T
...
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysql
-rwxr-xr-x 1 2048 8388608 109K Oct 20 21:34 mysqlaccess
-rwxr-xr-x 1 root root    3.0M Oct 21 03:35 mysqladmin
l????????? ? ?    ?          ?            ? mysqlanalyze
-rwxr-xr-x 1 root root    3.1M Jul 23  2014 mysqlbinlog
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysqlbug
-rwxr-xr-- 1 root root    161P Oct 21 03:35 mysqlcheck
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysql_client_test
-rwxr-xr-x 1 root root    4.2K Jul 22  2014 mysql_convert_table_format
-rwxr-xr-x 1 root root     24K Jul 22  2014 mysqld_multi
-rwxr-xr-x 1 root root     25K Jul 22  2014 mysqld_safe
-rwxr-xr-x 1 root root    3.1M Oct 21 03:35 mysqldump
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysqldumpslow
-rwxr-xr-x 1 root root    4.1T Oct 20 21:34 mysql_find_rows
-rwxr-xr-x 1 root root    1.3K Oct 20 21:34 mysql_fix_extensions
-rwxr-xr-x 1 root root     35K Jul 22  2014 mysqlhotcopy
-rwxr-xr-x 1 root root    3.0M Oct 21 03:35 mysqlimport
-rwxr-xr-x 1 root root     15K Oct 20 21:34 mysql_install_db
lrwxrwxrwx 1 root root      10 Oct 21 03:35 mysqloptimize -> mysqlcheck
-rwxr-xr-x 1 root 1048576 2.7M Oct 22 16:00 mysql_plugin
lrwxrwxrwx 1 root root      10 Oct 21 03:35 mysqlrepair -> mysqlcheck
-rwxr-xr-x 1 root root     39K Oct 21 03:34 mysqlreport
-rwxr-xr-x 1 root root    8.1K Jul 22  2014 mysql_secure_installation
-rwxr-xr-x 1 root root     18K Jul 22  2014 mysql_setpermission
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysqlshow
-rwxr-xr-x 1 root root    3.0M Oct 21 03:35 mysqlslap
-rwxr-xr-x 1 root root    3.2M Jul 23  2014 mysqltest
-rwxr-xr-x 1 root root    2.7M Jul 23  2014 mysql_tzinfo_to_sql
-rwxr-xr-x 1 root root    2.7M Oct 21 03:35 mysql_upgrade
-????????? ? ?    ?          ?            ? mysql_waitpid
-rwxr-xr-x 1 root root    3.8K Jul 22  2014 mysql_zap
...

Basicamente, parece haver alguns problemas reais com a minha instalação do MySQL, e eu estou oficialmente fora da minha profundidade aqui e não consigo encontrar um problema semelhante neste site da SE ou em outro lugar.

Toda ajuda / entrada é apreciada. Por favor, deixe-me saber o que mais informações podem ser úteis.

Melhor Luke