Isso deve ser feito no Bash:
#!/bin/bash
shopt -s dotglob
find * -prune -type d | while read d; do
mkdir "$d"/proj
mv "$d"/*.txt "$d"/proj
done
Se você precisar usar o Windows, tente o seguinte:
@ECHO OFF
FOR /D %%G IN (*) DO (
MKDIR "%%G"\proj
MOVE "%%G"\*.txt "%%G"\proj > nul
)