A solução mais simples é alterar a resolução da tela e voltar novamente. Isso deve forçar todas as janelas na tela.
Acabei de instalar o aplicativo GitHub Mac OS. Eu faço algum trabalho com isso, fecho e abro novamente. Depois disso, o aplicativo é aberto, mas aparentemente a janela do aplicativo está oculta. Eu posso trabalhar com menus do GitHub na parte superior da tela, mas não consigo ver nenhuma das janelas.
Também posso ver o processo do GitHub no Activity Monitor, mas a tela está oculta.
A solução mais simples é alterar a resolução da tela e voltar novamente. Isso deve forçar todas as janelas na tela.
Eu tenho uma configuração de vários monitores no trabalho, mas não em casa, portanto, isso acontece com os aplicativos de tempos em tempos. Eu tentei isso com sucesso com GitHub, Sublime Text, iTerm, Chrome, Word e Excel.
Uma solução igualmente simples é abrir o GitHub e o CMD + W para fechar a janela ativa. Agora você pode abrir uma nova janela ou reiniciar o aplicativo para que ele apareça na resolução nativa.