Se o Diskcleanup já tiver removido todas as atualizações substituídas, não será possível a qualquer outra limpeza da pasta no Windows Server 2008 R2.
Você deve conviver com esse tamanho de pasta ou atualizar para Windows Server 2012 R2, aqui você pode usar o DISM para compactar mais a pasta WinSxS fazendo uma compactação e tornando a atualização atual permanente executando este comando DISM:
dism /online /cleanup-image /startcomponentcleanup /ResetBase