Encontrou o problema ... mais ou menos. Aparentemente, se você minimizar a aba de problemas, tente acessá-lo através do ícone minimizado para a aba, ele perde a focagem correta para dizer quais são os problemas. Minha versão anterior foi configurada exatamente da mesma maneira e não teve problemas, então eles devem ter mudado algo que quebrou isso. Vamos analisar o envio para a equipe do Eclipse, como um bug.