Um deles pode lançar alguma luz sobre isso - eles imprimem os locais de cada entrada do VirtualHost em sua configuração.
sudo apache2ctl -t -D DUMP_VHOSTS
ou sudo apachectl -t -D DUMP_VHOSTS
(um deve funcionar).
A última vez que tive que procurá-lo em um servidor cpanel, o Apache e as configurações estavam em /usr/local/apache
ou similares, e incluíam configurações adicionais do diretório inicial de cada conta do cpanel. Isso pode ter mudado desde então!