As aspas duplas estão sendo lidas na variável line e passadas como parte do parâmetro para mediainfo . Eu nunca gostei de usar read para ler linhas inteiras, preferindo usar o comando line .
Você deve remover as aspas da entrada e usar: -
while line='line'; do
. . . . . .
/volume1/@appstore/nzbdrone/bin/mediainfo "$line" | grep Unique | awk '{print $4}' > $WorkingDir/output2.txt
. . . . . .
Você deve citar duas vezes todas as instâncias de $line , não apenas na linha que mostrei.
Observe que line lê as linhas com precisão, incluindo os espaços em branco iniciais e finais que read retira.