Eu também vejo isso no SLES11 SP1; não no SP3.
Parece que pode haver uma condição de corrida entre quando o módulo do kernel ipv6 é carregado e quando o /etc/sysctl.conf é processado durante a inicialização (/etc/init.d/boot.sysctl). O módulo ipv6 não pode ser carregado até que o script /etc/init.d/boot.ipconfig seja executado (após boot.sysctl). Curiosamente, a ordenação desses scripts é a mesma no SP1 e no SP3, mesmo que as coisas funcionem no SP3.
Se você inserir um 'modprobe ipv6' neste boot.sysctl, as configurações do ipv6 persistirão como esperado:
echo -n "Setting current sysctl status from /etc/sysctl.conf"
# Force ipv6 module to load
modprobe ipv6
sysctl -e -q -p /etc/sysctl.conf