mkisofs já deve colocar os arquivos no local correto:
mkisofs -o HS47.iso /media/sdbX/public/HS47/
Deve resultar nos arquivos no disco onde você quiser (ou seja, colocar todo o conteúdo de /media/sdbX/public/HS47/ na raiz da imagem do disco).
Quanto a ser o mais compatível, eu tentaria com as opções padrão, e perguntaria aqui sobre problemas mais específicos se você os encontrasse.
Lembre-se de que esses discos exigirão que sejam abertos em um computador e não funcionarão em um DVD player básico (o tipo que você conectaria diretamente a uma TV).
Depois de reler sua pergunta, acho que isso pode ser o que você está procurando:
Tente usar -graft-points . Isso permite que você coloque arquivos específicos em locais específicos no disco. Seu exemplo acima ficaria assim (Nota \ é usado como continuação de linha para legibilidade):
mkisofs -o Disk1.iso -graft-points \
mit/techtv/collections/physicsdemos/=/media/sdbX/public/HS47/edu/mit/techtv/collections/physicsdemos/14298-charge-and-electric-field-of-a-hollow-conductor.mp4 \
youtube/EducationCommonsRW/=/media/sdbX/public/HS47/com/youtube/EducationCommonsRW/S0wbEl7caTY.mp4 \
mit/techtv/collections/physicsdemos/=/media/sdbX/public/HS47/edu/mit/techtv/collections/physicsdemos/14366-field-of-a-sphere-and-an-infinite-plane.mp4
-graft-points informa mkisofs que os caminhos estão no formato folder/=filePath , em que folder é a pasta no disco em que o arquivo deve ser exibido e filePath é o local em seu computador em que deve obter o arquivo de colocar na imagem. Você pode incluir quantos arquivos desejar, e mkisofs irá mesclá-los em uma única imagem, criando pastas aninhadas conforme necessário.