Meu laptop está configurado para inicializar a partir do USB e depois do HDD. Além das preocupações de segurança, não há diferença alguma durante a inicialização, a menos que você tenha um USB inicializável já conectado; nesse caso, você teria que evitar "pressionar qualquer tecla" para inicializar no USB se quiser inicializar o HDD em vez disso.
Para mim, vale a pena, já que costumo arrancar do meu USB com bastante frequência. Mas para você, uma vez que você só vai usá-lo uma vez, na verdade não há nenhum mal em fazê-lo, mas por que não apenas alterar a ordem de inicialização quando você realmente precisa? Contanto que você possa entrar na BIOS / UEFI na inicialização, isso salvará apenas algumas pressões do teclado.
Também é só uma dica, se você estiver planejando instalar o Windows e, no caso raro, você fica preso em qualquer estágio (como no meu caso, eu fiquei preso no finalizando suas configurações no final ao instalar o Windows 8.1, apenas fazendo uma simples reinicialização ainda bloqueará você no BIOS / UEFI, ou pelo menos foi o que aconteceu comigo (e alguns outros usuários que encontrei na Internet). Eu tive que desconectar a fonte de alimentação enquanto o laptop estava ligado então reboot para poder acessar o BIOS, perdendo todo o progresso que eu fiz.: (