Eu não sou totalmente claro sobre o que você quer, e dada a data que você pediu, você provavelmente já descobriu uma solução, mas eu vou tentar de qualquer maneira.
Parece que você deseja restaurar arquivos a qualquer momento específico. Um repositório git local provavelmente seria suficiente, especialmente se seus arquivos são principalmente arquivos de texto.
Outra coisa que você pode considerar são instantâneos. Se você está atualmente usando o LVM, você pode usar instantâneos via LVM e não se preocupar em reformatar o zfs. Claro, se você já tem o btrfs ou o zfs, eles suportam nativamente instantâneos. Você pode escrever um pequeno script para fazer automaticamente instantâneos de hora em hora, se é isso que você está procurando. Dependendo de como você faz o seu backup de disco rígido externo, no entanto, esses instantâneos não podem ser movidos para o disco rígido externo, portanto, alguma reconfiguração pode ser necessária.
Finalmente, se você quiser usar o rsnapshot, você pode, mas parece que um repositório git local funcionaria melhor. Muitas vezes é mais fácil fornecer uma sugestão se você descrever o que deseja realizar (ou seja, eu quero poder alterar os arquivos, mas reverter as alterações que fiz em um ponto anterior de tempo seletivamente e usar a quantidade mínima de espaço em disco possível) em vez de listar possíveis soluções.