Um certificado básico é apenas para um único endereço. Então, ou
www.domain.com
ou
domain.com
Você tem a opção de obter dois certificados, um para cada domínio ou um certificado de vários domínios. Geralmente, um certificado de vários domínios não é econômico, a menos que você precise cobrir três ou quatro domínios.
Se você ainda deseja criar um CSR com vários domínios, é necessário editar o arquivo /etc/openssl.conf e alterar a seção req:
[req]
req_extensions = v3_req
e adicione a seção v3_req:
[v3_req]
subjectAltName=DNS:www.domain.com,DNS:domain.com
Vale a pena colocar as duas variantes no subjectAltName, além de inserir o nome comum como domain.com, já que o nome comum às vezes é ignorado se o subjectAltName estiver presente.