Eu tenho uma opção em mente.
crie um arquivo binário com 512 0, vamos supor que seja X.bin
agora copie o arquivo para o primeiro setor 63 usando dd
sudo dd if=/home/user/X.bin of=/dev/sdc bs=512 count=63
Aqui / dev / sdc é seu pendrive.
Se você não entender o processo de criação do arquivo binário, por favor, comente.