Encontrei uma solução duplicando a configuração e especificando o argumento adicional -f /etc/dhcpcd-diffrent-clientid.conf
.
IP=dhcp
DHCPClient=(dhcpcd)
DhcpcdOptions='-f /etc/dhcpcd-diffrent-clientid.conf'
Agora, alguns perfis netctl usam o arquivo de configuração normal com o duid como identificador e alguns usam minha string especial do clientid.