Bem, depois de testar diferentes soluções, descobri que a melhor maneira é adicionar o parâmetro -i à linha, chamando o script python, que executa o interpretador python para que os erros sejam mostrados lá. Aqui está um exemplo:
mybat.bat:
ECHO Doing some initialization here
%PATH% = C:\CustomModulePath;%PATH%
python -i myscript.py