Vou tentar aqui e dizer que é provável que você simplesmente precise reparticionar seu pen drive:
- Clique com o botão direito do mouse no menu Iniciar (ou no canto inferior esquerdo que traz o metrô para 8,0)
- Selecione Gerenciamento de disco.
- Na janela, você verá dois painéis, o inferior deve mostrar os discos físicos em sua unidade.
- Encontre o pen drive (SEJA MUITO CUIDADOSO É SEU THUMB DRIVE !!!!! Para garantir que você possa desconectá-lo e conectá-lo para vê-lo, ele desaparece / aparece).
- Exclua quaisquer partições nomeadas clicando com o botão direito do mouse e selecionando Excluir volume. TODOS OS DADOS SERÃO DESTRUÍDOS !!! TENHA CUIDADO!
- No espaço não particionado, clique com o botão direito do mouse e crie um novo volume simples como NTFS (menos compatível com outros SOs como o Mac, mas mais rápido) ou FAT32 e atribua a ele uma letra de unidade no assistente.
Você pode ver mais informações sobre como criar uma nova partição em Microsoft TechNet