Eu não estou ciente do phpize, mas o erro que você está recebendo é porque o sistema não é capaz de localizar as bibliotecas ffmpeg. Apenas atualize seus comandos assim,
./configure --enable-shared --prefix=/home/chintan/out.dir - (change the install directory accordigly)
make
make install - This will install all the libraries in /home/chintan/out.dir/lib directory
export LD_LIBRARY_PATH=/home/chintan/out.dir/lib
E faça as outras etapas necessárias em que você está recebendo o erro.
Se você não der o argumento --prefix em configure e execute make install, as bibliotecas serão copiadas para o diretório / lib do seu sistema.
Espero que isso ajude.