No seu bash_profile ou .profile, modifique as cores ao definir PS1
Por exemplo:
export PS1='\[\e[1;31m\][\D{%a %m-%d-%Y %T} \u@\h \W]\$\[\e[0m\] '
Dá-lhe
[Mon 09-01-2014 22:59:09 user@hostname path]#
em vermelho.
Você pode consultar as Sequências de escape do prompt do Bash e Bash Prompt HOWTO: para detalhes.