você poderia fazer apt-get remove , e adicionalmente remover arquivos de configuração em / etc / mysql. Além disso, o apt-get pode perguntar se você realmente deseja limpar os bancos de dados, mas isso depende da sua distribuição e versão.
Mas, para responder sua pergunta, para fazer backup do mysql, você deve simplesmente fazer backup de todos os arquivos em seu banco de dados, incluindo arquivos ib_data * para o InnoDB. A localização padrão no Debian, por exemplo, é / var / lib / mysql, então você poderia fazer:
tar zcf /root/mysql-backup-2014-08-24.tgz /var/lib/mysql
verifique se você tem uma cópia válida antes de destruir o banco de dados original ...