Parece que você só precisa atualizar gitlab-shell
, pode ser realizado com o seguinte conjunto de comandos:
git clone https://github.com/gitlabhq/gitlab-shell.git
cp config.yml.example config.yml
vim config.yml
make sure you replace gitlab_url with your desired URL
sudo -u git -H ./bin/install
Note que parece que você está fazendo um pouco como root que seria melhor feito como usuário "git", daí alguns dos avisos que você está recebendo. Enquanto isso link é um pouco datado, pode ser útil ajudar você a ver como fazer isso como usuário "git" em vez de root.