Eu me deparo com o mesmo problema, mas não acho que os gráficos tenham algo a ver com isso.
O Mavericks faz a mesma coisa que o Windows, pois leva você a um desktop o mais rápido possível em uma inicialização nova, mesmo que ainda esteja carregando serviços em segundo plano.
Quando eu inicializo meu Mac e efetuo login, inicializo o Monitor de atividade e vejo que o disco de E / S ainda está no telhado por cerca de um minuto depois. Durante esse tempo, a máquina (incluindo a doca) se sente bastante lenta. Mas uma vez que a atividade diminui, todo o sistema se torna responsivo e suave novamente. Se eu tivesse um SSD (como fazem todos os novos Macs), tenho certeza de que isso não seria um problema.
O Maya e o AutoCAD são programas bastante robustos. O tempo que eles levam para iniciar provavelmente dá ao sistema tempo suficiente para inicializar completamente, dando a impressão de que esses programas estão, de alguma forma, chutando algo que está fazendo as coisas funcionarem corretamente.