Isso funciona para mim (se você quiser encontrar esses arquivos não correspondentes; caso contrário, omitir o v da opção grep):
find /path/to/dir > tree.txt
grep -vf inputnames.txt tree.txt
E se você quiser saber quantos existem: grep -vf inputnames.txt tree.txt | wc -l
Isso encontra / conta todas as ocorrências em tree.txt que não correspondem a qualquer string em inputnames.txt
.