Você pode usar o Truecrypt para conseguir isso: link
Embora você possa ter lido que não é mais suportado, é provável que ainda seja adequado à sua situação. Outra opção seria algo como um pendrive criptografado IronKey ou similar.
Ainda outra opção seria usar um arquivo Zip criptografado: link
Com qualquer uma dessas opções, você precisa ter cuidado com arquivos temporários e caches que podem ser criados de arquivos / fragmentos deixados na memória, etc.