Não é uma má idéia - pelo menos não a coisa "reinstalar partição" do OS. Como backup, embora? Ter coisas em uma partição separada não é um backup para outra coisa que não seja se o usuário excluir acidentalmente um arquivo. Se o disco rígido quebrar e queimar, tudo se foi. É melhor usar uma unidade externa, BD-ROM ou The Cloud.
Quanto a ler e gravar a partição do Windows como uma imagem, você precisa apenas de "dd".