Há *.* para fazer o comando de todos os arquivos, como:
C:\Data>attrib -s -h -r *.*
há algo como *.* , mas para pastas?
Por exemplo, o mesmo comando "ATTRIB".
dir /a:d
dir /a:d | find "Documents"
Onde o primeiro dá ya todos os diretórios e o segundo (supondo que você está em seu diretório home) lhe dá o diretório de documentos e, provavelmente, a junção de "Meus Documentos".
Para tarefas mais complexas, recomendo usar o PowerShell em vez de cmd.exe.
O bit "/ a: d" significa um tipo de "arquivo com o atributo de diretório".
Sim, existe. Dependendo do comando, geralmente há um parâmetro para trabalhar em pastas em vez de arquivos. *.* significa todos os arquivos e pastas, mas isso depende do comando. Como alternativa, você pode usar o FOR para executar um comando em todas as pastas e, opcionalmente, em subpastas.
Se você nos disser o que você quer fazer, podemos dizer qual é a melhor abordagem e qual é o comando completo.