Você precisa adicioná-lo antes do host virtual final:
#
# Subversion virtual hosts alias
#
<VirtualHost *:80>
ServerName %sys_default_domain%
ServerAlias svn.*. %sys_default_domain%
Include conf.d/codendi_svnroot.conf
</VirtualHost>
... place it here ...
#
# Project web site virtual hosts alias
#
<VirtualHost *:80>
ServerName %sys_default_domain%
ServerAlias *.%sys_default_domain%
...
</VirtualHost>
Caso contrário, será capturado por *.%sys_default_domain%