Arquivos normalmente ocultos não têm significado especial fora do Windows. No entanto, se o arquivo estiver oculto, o Sublime redefine o sinalizador oculto (que se correlaciona com a chamada da API do Win32 que o Python fez que você mencionou). Isso, por sua vez, torna o acesso de gravação ao atributo de arquivo necessário para o Sublime gravar um arquivo.
Ao desabilitar a gravação de privilégios de atributo na guia Segurança do arquivo e, com o sinalizador oculto, ele mostra o mesmo erro que você. No entanto, é difícil dizer quando isso aconteceria de bom grado.