É tão simples assim:
Todos os arquivos de inicialização DEVEM estar no primeiro disco da partição ativa. ntldr, boot.ini, ntdetect.com, bootmgr, pasta de inicialização com o BCD.
No boot.ini, você especifica antigos sistemas NT5. No BCD, você especifica todos os sistemas.
Você pode usar o utilitário ARCPaths para obter os caminhos ARC exatos para todas as unidades.
Experimente o Editor Visual BCD - ele pode criar todos os carregadores de uma só vez. (backup de BCD e boot.ini !!!)
Experimente a nova versão da ferramenta de Reparo de inicialização dupla ( deve corrigir setores de inicialização e MBR, ntldr, bootmgr, BCD).
Leia os manuais de ferramentas (uma página da web cada um) e, eventualmente, ajude os arquivos.
O feedback seria bom.