Definir incluir caminhos no LSF-bsub

Question

Estou executando um grande trabalho em um HPC. Mas os programas instalados para o trabalho são versões antigas e eu tenho as novas versões no meu diretório pessoal. Eu posso efetuar login em qualquer nó, exportar o caminho para as novas versões usando export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH . No entanto, não tenho certeza se exporto o caminho no meu shell de login e envio um trabalho usando bsub , então o novo caminho exportado será usado por todos os nós que estão executando o trabalho.

Eu posso copiar esses arquivos em um dos diretórios de inclusão padrão, mas o meu administrador de sistema não está muito ansioso para fazer isso em breve .

Qual é a melhor maneira agora de exportar o caminho para todos os nós? Posso escrever um script de shell com o comando de exportação + o comando job e passar esse script para bsub?

    

Answer 1

What is the best way now to export the path to all nodes? Can I write a shell script with the export command + the job command and pass this script to bsub?

Sim. Escreva um script (digamos, seu nome myscript ) que define o PATH e, em seguida, inicia seu programa. Em seguida, envie seu trabalho com a linha de comando bsub myscript . Sua instalação local será usada em vez da instalação do sistema.

Uma opção ainda mais simples, o LSF definirá as variáveis de ambiente do ambiente de envio para o ambiente de execução, incluindo o PATH.

[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <217> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

Agora atualize seu caminho para que ele inclua a instalação local do seu programa.

[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <218> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin