Sobre sua pergunta 1:
Sim e Não. O comando fará exatamente o mesmo como na GUI do BIT. Mas o BIT fará o par pensar antes e depois de executar este comando (criar o diretório 'new_snapshot', fixar permissões, criar hard-links, salvar permissões em arquivos extras, salvar config e log, apenas para citar algumas)
Assim, no final, você não terá o mesmo resultado com a execução do comando rsync
manualmente, como com a GUI do BIT.
disclaimer: Eu sou membro da equipe BIT-dev