O pacote responsável por exibir as notificações é notify-osd . Você pode removê-lo abrindo um terminal e executando o seguinte comando:
sudo apt-get remove notify-osd
Aviso regular: isso desativará permanentemente as notificações todas .
Se mais tarde você decidir que quer as notificações de volta, você pode executar o seguinte comando:
sudo apt-get install notify-osd