Você pode usar a opção -U (--PATH de raiz do banco de dados)
updatedb -l 0 -U /home/user/music -o /home/user/databasefile
-o escreve no arquivo de saída
-l 0 faz com que você possa lê-lo, caso contrário, só é acessível para localizar
Então você pode usá-lo como:
locate -d /home/user/databasefile Dylan
-d define o caminho do banco de dados
Para usar o mlocate com mais de um diretório raiz, simplesmente crie dois bancos de dados e use o locate com duas opções do databasepath como esta:
locate -d /home/user/dbfile1 -d /home/user/dbfile2 searchstring
Para resumir e responder à pergunta mais específica:
updatedb -l 0 -U /home -o /home/user/home_dbfile
updatedb -l 0 -U /data -o /home/user/data_dbfile
locate -d /home/user/home_dbfile -d /home/user/data_dbfile Dylan