Isso não deveria acontecer. Seria uma coisa se o apt automaticamente desinstalasse o software por causa do seu /etc/apt/sources.list ter corrompido ou algo assim, mas para configurações e arquivos para "reverter" assim é muito estranho. Não há equivalente direto para a "restauração do sistema" do Windows que eu saiba, no entanto, é possível fazer o backup das listas de pacotes e configurações de perfil e, em seguida, restaurá-las facilmente usando listas de pacotes e de perfis.
Mas, novamente, para uma máquina "voltar no tempo", isso é realmente estranho. No entanto, recentemente eu fiz exatamente o que você descreveu para o meu roteador Verizon Fios, que é um dispositivo Linux. Um dia, toda a minha configuração de roteador foi revertida para a maneira como eu a configurei alguns meses antes - efetivamente destruindo muitas horas de configuração que eu havia colocado em minha rede. O culpado? Provavelmente verizon, como eles gostam de logar em seus clientes roteadores via telnet periodicamente e alterar as configurações de segurança sem explicação ou consentimento, e eles fizeram exatamente isso de acordo com os registros de segurança.
Então, quando li isso, imaginei que diria que faz pouco sentido, e que talvez você devesse fazer o backup de todos os dados, baixar (e VERIFICAR com o GPG) outra cópia do Ubuntu e depois reinstalá-la no seu computador, a partir do zero. Pelo menos é o que eu faria, apenas para estar segura. Embora eu suponha que teoricamente não é tão distante para um disco rígido corrompido dessa maneira, é muito improvável e me faz pensar que há algo suspeito acontecendo com o seu software. E se for um erro mecânico, as chances são de que isso possa acontecer novamente. Verifique o status SMART do disco rígido em busca de erros, porque, se o disco for de alguma forma responsável, poderá ocorrer novamente.