Supondo que você esteja querendo fazer isso da maneira mais difícil de descobrir como o Windows funciona. Bem, as configurações de software em todo o sistema estão localizadas em HKLM \ Software. Eu tinha uma verificação rápida no meu Dell Latitude E6230 (Win8) e, para mim, a chave específica seria HKLM \ Software \ Alps \ Apoint. Sob essa chave eu tinha várias subchaves, cada uma com vários valores relacionados a diferentes aspectos do meu software de ponteiro. Você deveria ter algo muito semelhante no seu caso.
Eu não tenho um ponteiro na minha máquina, então não posso dizer a localização exata da configuração específica para desligar ou apontar o ponteiro, mas no seu caso não consigo imaginar que seja muito difícil encontrar. Quando olhei pelas minhas teclas, todas as configurações pareciam autodescritivas. Estou assumindo que o valor que você encontrará será de um tipo booleano, então se ele for 1, então modifique-o para 0 e vice-versa.
Boa sorte e esperança que ajuda.