Não sei ao certo o que está causando esse bug (Parallels ou Excel), mas descobri que isso ocorre apenas enquanto estou no modo Coherence. Por muito tempo, eu fecharia o Excel e o reabriria. Isso não é grande coisa se uma planilha estiver aberta, mas se você estiver flutuando entre mais de 5 documentos, isso pode ser irritante.
A solução mais fácil que encontrei é sair do modo de Coerência no Parallels, minimizar o Excel (ele deve funcionar corretamente) e, em seguida, entrar novamente no modo de Coerência. A partir desse ponto, a minimização do Excel deve funcionar corretamente, pelo menos por um tempo.