Só para esclarecer, acredito que você esteja perguntando sobre o aplicativo Git e não sobre o arquivo .ssh.
De acordo com a documentação no Github, isso indica que seu aplicativo independente irá configurar as chaves .ssh para você ou usar suas chaves existentes.
Com base no que li, parece ser apenas o local padrão em que o aplicativo coloca a chave. Colocar uma chave ssh criada pelo aplicativo em um local exclusivo evitaria qualquer interferência com as chaves ssh existentes, assim como as que você pode gerar no futuro.
Quanto ao local onde o armazenamento de chaves padrão é para ssh, isso seria determinado pelos seus parâmetros ambientais junto com o equivalente a / etc / ssh / ssh_config para o aplicativo ssh.