Eu recomendaria o Inkscape .
Você poderia fazer um efeito 3D, se necessário, usando gradientes, por exemplo, aqui .
Use o recurso clone depois de criar seu "átomo"
Eu preciso desenhar uma estrutura de cristal cúbica centrada na face (FCC) e uma estrutura de cristal zincblende. Qual software devo usar para desenhar no Ubuntu?
Obrigado