Isso parece ser um bug no compiz. Por enquanto, a única solução é definir o valor em cada reinicialização:
Crie um script de shell, torne-o executável e coloque-o na lista de aplicativos de inicialização. O script de shell deve conter o seguinte:
#!/bin/bash
dconf write /org/compiz/profiles/unity/plugins/composite/refresh-rate "60"
Para mais informações, leia aqui: A alteração "Composite > Detect Refresh Rate" é ignorada inicialmente