Eu não estou familiarizado com o protocolo ArDrone, mas estou supondo que ele precisa estar na mesma rede Layer2 para que seu protocolo de descoberta funcione.
O primeiro desafio é fazer com que os Raspberry Pi conversem entre si. Você já mencionou que não obtém endereços IP públicos, mas pode se conectar diretamente de um Raspberry Pi ao endereço (privado) do outro Raspberry pi? Se este não for o caso, você precisará de um "ponto de rendez-vouz" que permitirá que ambos os RPi se comuniquem com ele, e transmitirá todas as massagens para o outro RPi.
Quando você tiver conversado entre si com os dois Raspberry Pi, será necessário conectar os dois segmentos de ethernet entre si. Uma maneira de fazer isso seria configurar um L2TP, por exemplo, usando o link .