Meu palpite é que o FileZilla está recebendo a Data de modificação de arquivo & Tamanho do arquivo no servidor e, em seguida, comparando esses atributos com a data de modificação do arquivo local & tamanho do arquivo local e, se houver uma discrepância, solicitar confirmação.
Esta ação é configurável, vá em Editar - > Configurações - > Transferência - > Arquivo existe ação no FileZilla e escolha a ação padrão quando isso acontece.
Você também pode enviar uma pergunta ao FileZilla diretamente em seus fóruns, link
Espero que ajude!