Lembre-se de que, a partir do momento em que postarei isso, a atualização mais recente é de 2014 e há grandes alterações nas APIs complementares da Mozilla. Então, este add-on é muito provável que esteja desatualizado & não está funcionando ou, pelo menos, precisa de atualizações sérias.
Eu também não testei, por isso talvez não funcione em algumas versões do Firefox.
Você pode usar o Link Visitor para marcação manual.
Permite marcar URLs como visitados ou não, manipulando o histórico diretamente.
Felizmente, um dos recursos é a operação na seleção, portanto, você pode marcar vários links de uma só vez (use Ctrl + arrastar para fazer várias seleções separadas).
Eu também estou um pouco curioso sobre a solução sqlite para isso também.