Encontramos este mesmo problema. Nós não "consertamos" o problema, mas construímos um bom trabalho.
1. exclua a regra "BUILTIN \ Administrators All Files"
2. Crie um arquivo na raiz de C chamado AppLockerBypass (ou algo dessa natureza)
3. Crie uma regra para permitir que os administradores permitam que qualquer coisa na pasta AppLockerBypass seja executada.
Agora, quando você quiser "Executar como administrador", deverá colocar o arquivo nessa pasta.
Se você não conseguir colocar o arquivo nessa pasta, crie uma regra para esse aplicativo específico.