Acabei desenvolvendo uma interface para fazer isso para mim e portar o script quase um ano depois. Você pode encontrar detalhes no meu blog aqui: link
Os passos envolvem essencialmente:
- Faça o download e extraia o UnlinkMKV-GUI
- Instalar o Strawberry Perl, MKVToolnix
- Selecione uma pasta de entrada, pasta de saída e, em seguida, clique em "Desvincular"
Projeto do Github: link
Espero que isso ajude alguém.