emacsclient
é um comando shell comum, por isso não pode alterar a ideia da shell do que é o diretório atual.
Você pode, no entanto, chamar emacsclient
assim:
$ cd "$(emacsclient -e '(progn (find-file ....) (print default-directory))')"
ou seja, ter emacs
imprimir o novo nome do diretório quando o cliente retornar.
Não será fácil acertar, e o esforço não vale a pena.
Se você está fazendo mais do que uma simples edição no seu emacsclient, você deve estar usando o emacs e seu shell.