Apenas adicionar / à lista negra não ajudará, pois os arquivos já registrados ainda aparecerão no travessão. Assim, você teria que excluir o histórico atual existente das opções de Privacidade no gnome-control-center.
E, por padrão, o Unity usa o locate para pesquisar arquivos correspondentes. Como tal, esses arquivos ainda podem aparecer se você apenas fizer uma lista negra de registros.
Para desativar o locate, execute este comando em um terminal:
gsettings set com.canonical.Unity.FilesLens use-locate false