As tarefas Cron podem ser executadas via CLI ou pelo servidor da Web - dependendo de como você as configura.
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Se você executar
[/path/to/]php --some-options -f /path/to/script
ou similar, você escolheu a versão CLI -
Se você executar
[wget|curl] 'http://localhost/some/thing.php'
ou similar, escolha executar no servidor da web
Ambas as versões têm seus prós e contras, mas a parte importante é: você tem a escolha.