O que eu faria é olhar para esses pequenos arquivos. Os links simbólicos são simplesmente arquivos com um modo especial cujo conteúdo é o caminho ao qual estão vinculados. Não sei como o sistema de arquivos foi movido para / do NTFS, mas é possível que esses arquivos pequenos ainda contenham o conteúdo do link.
Com isso em mente, talvez seja possível recriá-los com um script.