Eu tenho uma atitude muito semelhante à sua e tenho duas maneiras de resolver seus problemas, ambos usados por mim com sucesso:
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Remova pacotes desnecessários, deixando apenas aqueles que julgar necessários. Leia este tópico . É bastante longo, um pouco complicado e lembro-me de ter problemas (o que me ensinou muito e valeu a pena o esforço
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Obtenha o Ubuntu MinimalCD e instale o seu sistema do zero (não como um arranhão como linuxfromscratch ) e construir a partir daí. Eu fiz isso várias vezes, não é nada difícil e me ensinou muito sobre dependências entre pacotes. Não tenho certeza se você pode se casar com essa abordagem com o wubi, embora (não verifique, não tenha ideia).