Você pode atualizar repositórios individuais:
pacman -Sy -r <somerepo>
A atualização parcial não é compatível com a página wiki: link
Mas em tal cenário: a última versão do pacote X tem dependências do pacote Y. A versão 1.0 de Y - 1.3 está tudo bem para essa versão do X, por exemplo. agora, eu tenho a versão 1.0 do Y instalada, por que devo atualizá-la para o 1.3 para suportar o pacote X? Por que não devo atualizar apenas X para a última versão, deixando Y como 1.0 para salvar o tráfego de rede e manter o tempo?
Parece não haver dados sobre dependências de versão no banco de dados pakcage do pacman. por que não adicionar essas informações para atualizações parciais viáveis?
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