Eu mexi um pouco mais e cheguei à seguinte solução:
De alguma forma, as permissões de usuário da pasta de dados foram parafusadas. Assim, apenas a limpeza deste diretório não resolveu o meu problema. De qualquer forma, concedendo permissões ao usuário novamente, o problema é corrigido. Isso pode ser feito com
icacls.exe <path>/Data /grant <user>:(CI)(OI)F
Em meus olhos, isso é claramente um bug de software, já que o Lotus Notes deve avisar o usuário sobre a falta de permissões no local dos dados.